病毒衣壳组装的不可逆生长模型
生物大分子
2009-11-11 v3 软凝聚态物质
摘要
我们利用完全不可逆的步骤且仅利用生长边缘的局域信息，对衣壳（病毒的闭合外壳）由许多相同单元的拷贝自发组装的过程进行建模。我们的模型表述为：(i) 具有拉伸和弯曲刚度以及自发曲率的弹性哈密顿量；(ii) 用于添加新单元或键的一组速率常数。我们生成了一组高度不规则的衣壳集合，不同于知名的二十面体对称病毒，但（我们认为）可作为诸如 HIV 等逆转录病毒不规则衣壳的建模方式。我们发现：(i) 衣壳成功完成的几率随衣壳尺寸呈指数衰减；(ii) 衣壳尺寸强烈依赖于自发曲率，弱依赖于壳的弯曲与拉伸弹性刚度之比；(iii) 高斯曲率局域化程度（面化程度的度量）严重依赖于弹性刚度之比。
引用
@article{arxiv.q-bio/0512035,
title = {An irreversible growth model for virus capsid assembly},
author = {Stephen D. Hicks and C. L. Henley},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0512035},
year = {2009}
}
备注
19 pages, 19 figures; v2: two figures added, small changes to content; v3: minor content changes in response to referees