利用激子耦合二聚体标记DNA研究位点特异性DNA碱基和骨架“呼吸”的光谱学方法
生物物理
2024-03-29 v2 生物大分子
摘要
DNA调控和修复过程需要蛋白质与DNA在特定位点直接相互作用。糖-磷酸骨架和DNA碱基的局部涨落（DNA“呼吸”的一种形式）在此类过程中起着核心作用。本文回顾了新型光谱方法及其分析的发展与应用——包括系综和单分子水平——用于研究激子耦合的花菁和荧光核碱基类似物二聚体标记的DNA构建体在参与蛋白质-DNA复合物组装和功能的关键位置的结构和动力学特性。激子耦合二聚体探针充当“传感器”，用于检测紧邻二聚体探针的糖-磷酸骨架和碱基所采用的局部构象。这些方法可用于研究这些位点上蛋白质结合和功能的机制。
引用
@article{arxiv.2403.16251,
title = {Spectroscopic approaches for studies of site-specific DNA base and backbone "breathing" using exciton-coupled dimer-labeled DNA},
author = {Andrew H. Marcus and Spiridoula Matsika and Dylan Heussman and Mohammed I. Sorour and Jack Maurer and Claire S. Albrecht and Lulu Enkhbaatar and Patrick Herbert and Kurt A. Kistler and Peter H. von Hippel},
journal= {arXiv preprint arXiv:2403.16251},
year = {2024}
}
备注
Preprint of invited book chapter