蛋白质氢键上的孤子
凝聚态物理
2009-11-07 v2 生物大分子
摘要
我们提出了一个描述螺旋蛋白质中氢键网络上孤子动力学的模型。该模型在三维空间中采用了完全可积的 Toda 晶格形式，该形式允许声子和孤子沿螺旋的氢键传播。对三维 Toda 晶格系统的模拟表明，孤子是自发产生的，并且是稳定的，沿着螺旋轴移动。对三条氢键线之一的扰动也会在其他氢键上形成孤子。这种稳健的孤立波可能解释了最近的 X 射线激光实验中发现的 100 cm 频率范围内的长寿命模式。Toda 晶格的动力学参数与蛋白质中 realistic 氢键势常用的 Lennard-Jones 参数一致。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0211626,
title = {Solitons on H-bonds in proteins},
author = {Francesco d'Ovidio and Henrik Bohr and Per-Anker Lindgaard},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0211626},
year = {2009}
}
备注
6 pages, 7 figures