基因组进化的简单随机生灭模型：我们有足够的进化时间吗？

我们表明，简单的基因组进化随机模型导致蛋白结构域家族大小分布的幂律渐近。这些称为生、死与创新模型（BDIM）的模型代表一类特殊的平衡生灭过程，其中结构域重复与删除速率渐近地直至二阶相等。最简单的线性BDIM对多种原核与真核基因组中观察到的结构域家族大小分布表现出极好拟合。然而，此处探讨的线性BDIM随机版本预测，大型同源家族的实际大小在极不现实的长时标上才能达到。我们表明，引入非线性（可解释为广大家族成员间的特定阶次相互作用）可使模型达到与当前单个重复/丢失事件速率估计更相容的基因组进化速率。