基于收缩的随机局部时钟与可扩展推断

局部时钟模型提出分子进化速率在系统发育子树内恒定。当前的局部时钟推断流程难以扩展到大型分类群问题、存在模型设定偏差，或需要关于时钟存在与位置的先验知识。为克服这些挑战，我们提出一种自相关的贝叶斯可遗传时钟速率进化模型，利用零均值重尾先验收缩分支特异性时钟间的变化增量。我们进一步开发了高效的哈密顿蒙特卡洛采样器，利用闭式梯度计算使模型可扩展到大型树。在模拟数据集上估计分支特异性时钟速率时，我们收缩时钟下的推断相较流行的随机局部时钟提速逾3倍。我们进一步展示收缩时钟在啮齿类与哺乳动物系统发育中恢复了已知局部时钟。最后，在一个曾看似计算上不切实际的问题中，我们在无时钟位置先验知识的情况下研究了甲型流感病毒多种表面糖蛋白的可遗传时钟结构。