SGMFQP：一个基于本体的猪肠道微生物群联邦查询平台
数据库
2023-02-23 v1 定量方法
摘要
肠道微生物群在调节猪的生长发育与健康方面起着关键作用，且肠道微生物群特征与饲料效率差异相关。为了解答饲料效率分析中的开放问题，生物学家试图跨多个异构数据源检索信息。然而，由于查询可能涉及针对若干数据库的系列多个子查询，这是一项易错且耗时的工作。我们提出了一个基于本体的猪肠道微生物群联邦查询平台（SGMFQP）的实现，该平台提供关于猪饲养与肠道微生物群的便捷、自动化且高效的查询服务。该系统构建于领域特定的猪肠道微生物群本体（SGMO）之上，其有助于构建独立于各数据源实际组织方式的查询。此过程由基于模板的查询界面支持。一个基于 Datalog+ 的联邦查询引擎将查询转换为针对每个独立数据源定制的子查询，并且一个自动化工作流编排机制在各源数据库中执行查询并整合结果。该系统的效率在若干猪饲养场景中得到了验证。
引用
@article{arxiv.2302.11314,
title = {SGMFQP:An Ontology-based Swine Gut Microbiota Federated Query Platform},
author = {Ying Wang and Qin Jiang and Yilin Geng and Yuren Hu and Yue Tang and Jixiang Li and Junmei Zhang and Wolfgang Mayer and Shanmei Liu and Hong-Yu Zhang and Xianghua Yan and Zaiwen Feng},
journal= {arXiv preprint arXiv:2302.11314},
year = {2023}
}