分子建模应用的服务器化：包含所有人的 Rosetta 在线服务器 (ROSIE)
定量方法
2015-06-12 v1 生物大分子
摘要
Rosetta 分子建模软件包提供了经过实验测试且快速发展的工具，用于蛋白质、核酸以及越来越多的非天然聚合物的三维结构预测和高分辨率设计。尽管其对学术用户免费开放且文档不断完善，但由于代码使用难度大、需要大量计算资源以及大多数 Rosetta 应用缺乏服务器，Rosetta 的使用主要仍局限于开发者及其直接合作者。在此，我们提出了一个名为 ROSIE（包含所有人的 Rosetta 在线服务器）的 Rosetta 应用统一 Web 框架。ROSIE 提供：(a) Rosetta 协议的通用用户界面，(b) 供开发者添加额外协议的稳定应用程序编程接口，(c) 允许利用 RosettaCommons 成员机构共享计算机集群资源的灵活后端，以及 (d) 由 RosettaCommons 集中管理以确保持续维护。本文描述了 ROSIE 服务器基础设施、供 Rosetta 开发者使用的逐步“服务器化”协议，以及由六个独立开发者团队部署的首批九个 ROSetta 应用：对接、RNA 从头设计、ERRASER、抗体、序列耐受性、超电荷、β肽设计、NCBB 设计和 VIP 重设计。正如这些应用的数量和多样性所示，ROSIE 为 Rosetta 应用的服务器化提供了一种通用且快速的范式，对开发者而言成本可忽略不计，并降低了更广泛生物社区使用 Rosetta 的门槛。ROSIE 网址为 http://rosie.rosettacommons.org。
引用
@article{arxiv.1302.0029,
title = {Serverification of Molecular Modeling Applications: the Rosetta Online Server that Includes Everyone (ROSIE)},
author = {Sergey Lyskov and Fang-Chieh Chou and Shane Ó Conchúir and Bryan S. Der and Kevin Drew and Daisuke Kuroda and Jianqing Xu and Brian D. Weitzner and P. Douglas Renfrew and Parin Sripakdeevong and Benjamin Borgo and James J. Havranek and Brian Kuhlman and Tanja Kortemme and Richard Bonneau and Jeffrey J. Gray and Rhiju Das},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.0029},
year = {2015}
}