用于宽载量病原体高效准确 qPCR 筛查的半定量组学检测
定量方法
2023-08-03 v2 信息论
math.IT
统计方法学
摘要
致病性感染对全球健康构成重大威胁，每年影响数百万人，并对全球医疗系统提出巨大挑战。高效及时的检测在疾病控制与传播预防中起着关键作用。组学检测（group testing）是在疾病患病率较低时减少筛查大规模人群所需检测数量的成熟方法。然而，它未充分利用 qPCR 方法提供的定量信息，也无法适应宽泛的病原体载量。为解决这些问题，我们引入一种新颖的自适应半定量组学检测（SQGT）方案，通过两阶段 qPCR 检测高效筛查人群。SQGT 方法将循环阈值（）值量化为多个箱，利用第一阶段筛查的信息提升检测灵敏度。动态 阈值调整减轻稀释效应并增强检测准确性。与传统的二元结果 GT 方法比较表明，SQGT 在保持可忽略假阴性率的同时减少了 % 的检测数量。
引用
@article{arxiv.2307.16352,
title = {Semi-Quantitative Group Testing for Efficient and Accurate qPCR Screening of Pathogens with a Wide Range of Loads},
author = {Ananthan Nambiar and Chao Pan and Vishal Rana and Mahdi Cheraghchi and João Ribeiro and Sergei Maslov and Olgica Milenkovic},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.16352},
year = {2023}
}
备注
Corrected a misspelled name in the author list on page 1