基于分子动力学模拟与正态模分析的虚拟筛选构象集合采样
定量方法
2016-02-17 v1 生物大分子
摘要
目的：分子动力学模拟和正态模分析是生成受体构象集合（RCEs）用于配体对接和虚拟筛选的成熟方法。本文报道新的基于快速分子动力学和正态模分析的协议，结合构象口袋分类，以高效生成RCEs。材料与方法：我们在两个特征明确的蛋白质靶点上评估了协议，其分别显示局部活性位点灵活性（二氢叶酸还原酶）和大的集体运动（CDK2）。RCEs的性能通过在一组多样的化学诱饵数据集中区分二氢叶酸还原酶和CDK2的已知配体来验证。结果与讨论：我们的结果表明，根据不同的蛋白质灵活性类型，不同的模拟协议可高效生成RCEs。
引用
@article{arxiv.1602.05177,
title = {Sampling of conformational ensemble for virtual screening using molecular dynamics simulations and normal mode analysis},
author = {G Moroy and O Sperandio and S Rielland and S Khemka and K Druart and D. Goyal and D. Perahia and M. A. Miteva},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.05177},
year = {2016}
}