利用副本交换溶质调温方法对固有无序蛋白进行全原子分子动力学模拟
化学物理
2025-05-06 v1
摘要
全原子分子动力学（Molecular Dynamics, MD）计算机模拟是表征固有无序蛋白（Intrinsically Disordered Proteins, IDPs）构象系综的宝贵工具。IDP 的构象系综高度异质，包含许多由巨大自由能垒分隔的不同拓扑结构。在显式溶剂全原子 MD 模拟中对 IDP 的广阔构象空间进行采样极具挑战性，通常需要增强采样方法才能获得对 IDP 构象系综具有统计意义的描述。副本交换溶质调温（Replica Exchange Solute Tempering, REST）方法是一种强大的方法，其中系统的多个耦合模拟并行执行，并选择性地修改势能函数，可高效地对 IDP 的构象空间进行采样。在本章中，我们演示了如何使用 REST 增强采样方法设置、执行和分析 IDP 的全原子 MD 模拟。
引用
@article{arxiv.2505.01860,
title = {Performing all-atom molecular dynamics simulations of intrinsically disordered proteins with replica exchange solute tempering},
author = {Jaya Krishna Koneru and Korey M. Reid and Paul Robustelli},
journal= {arXiv preprint arXiv:2505.01860},
year = {2025}
}
备注
30 pages, 4 figures