将 apo 受体的增强采样与基于模板的配体构象选择相耦合：在 D3R-GC4 中的构象预测性能
生物大分子
2020-06-14 v1 软凝聚态物质
摘要
我们报告了将最新引入的口袋形状增强采样的系综对接（EDES）方案与基于模板的算法相耦合，以在 D3R 联盟组织的 2019 年度大挑战中生成接近天然状态的配体构象的性能。使用 AutoDock4.2 或 HADDOCK2.2 对接程序（每个软件在协议的两种变体下运行），我们的方法在大多数 20 个靶点中，在提交评估的前 5 个构象中均生成了类天然构象，且性能相似。为 GC4 选择的蛋白质是人 β 位点淀粉样前体蛋白裂解酶 1（BACE-1），一种跨膜天冬氨酸蛋白酶。使用 AutoDock 和 HADDOCK，我们分别在 20 个靶点中的 16 个（80%）和 17 个（85%）中，确定了至少一个重原子 RMSD 距离天然构象小于 2.5 {\AA} 的构象。剖析可能的误差来源表明：i）我们的 EDES 协议（经过微小修改）能够为所有 20 个蛋白质靶点采样到亚埃级构象，在约 1 {\AA} RMSD 内重现了结合位点的正确构象；ii）正如我们中一些人在 GC3 中已经证明的那样，即使存在近天然蛋白质结构，配体构象的适当选择对于系综对接计算的成功也是至关重要的。重要的是，在仅利用 apo 蛋白质结构信息来生成受体构象以进行系综对接计算的协议中，我们的方法表现最佳。
引用
@article{arxiv.2005.04142,
title = {Coupling enhanced sampling of the apo-receptor with template-based ligand conformers selection: Performance in pose prediction in the D3R-GC4},
author = {Andrea Basciu and Panagiotis I. Koukos and Giuliano Malloci and Alexandre M. J. J. Bonvin and Attilio V. Vargiu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2005.04142},
year = {2020}
}