RPYFMM：生物分子流体动力学模拟中用于 Rotne-Prager-Yamakawa 张量的并行自适应快速多极方法
分布式、并行与集群计算
2018-04-04 v1
摘要
RPYFMM 是一个软件包，用于高效计算生物分子流体动力学模拟中由 Rotne-Prager-Yamakawa（RPY）张量相互作用所支配的势场。在我们的算法中，RPY 张量被分解为四个拉普拉斯相互作用的线性组合，每个相互作用使用自适应快速多极方法（FMM）[1] 进行计算，其中应用指数展开对多极到局部的平移算子进行对角化。RPYFMM 通过利用 DASHMM 库 [2, 3] 在共享内存和分布式内存计算机上提供统一执行。初步数值结果表明，在 Cray XC30 集群上使用 12,288 个核心，可在不到一秒内计算出含 1500 万粒子（珠）的分子系统的相互作用，同时达到约 54% 的强缩放效率。
引用
@article{arxiv.1711.02976,
title = {RPYFMM: Parallel Adaptive Fast Multipole Method for Rotne-Prager-Yamakawa Tensor in Biomolecular Hydrodynamics Simulations},
author = {W. Guan and X. Cheng and J. Huang and G. Huber and W. Li and J. A. McCammon and B. Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.02976},
year = {2018}
}