分布式内存架构上 DASHMM 加速的自适应快速多极 Poisson-Boltzmann 求解器
分布式、并行与集群计算
2017-10-18 v1
摘要
我们展示了用于快速计算分子溶剂化自由能的 AFMPB 软件包的更新版本。新版本的主要特点是成功采用了 DASHMM 库，使 AFMPB 能够在分布式内存计算机上运行。因此，新版本能够轻松处理更大的分子或具有更高精度要求的场景。为了演示更新后的代码，我们将新版本应用于包含超过一百万个原子且网格包含约两千万个三角形的登革病毒系统，并在使用 12,288 个核心的 Cray XC30 集群上，将求解时间从先前版本在共享内存计算机上报告的 10 小时缩短至不到 30 秒。
引用
@article{arxiv.1710.06316,
title = {DASHMM Accelerated Adaptive Fast Multipole Poisson-Boltzmann Solver on Distributed Memory Architecture},
author = {B. Zhang and J. DeBuhr and D. Niedzielski and S. Mayolo and B. Lu and T. Sterling},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.06316},
year = {2017}
}