利用 Rappertk 进行 RNA 采样与晶体学精修
生物大分子
2007-10-23 v1
摘要
背景。RNA 结构数据的急剧增加使得我们比十年前更能识别其构象偏好。这为利用基于离散约束的构象采样来模拟 RNA 并自动化其晶体学精修提供了机遇。结果。利用 Richardson RNA 骨架旋转异构体库和无偏糖苷二面角分布，实现了对整个 RNA 链、末端和环的全原子采样。我们在具有不同空间约束的多样化 RNA 链数据集上对 Rappertk 的采样行为进行了基准测试。本文开发的迭代复合晶体学精修协议被证明在 tRNA(Asp) 结构的部分区域优于仅使用 CNS 的精修。结论。这项工作为 RNA 建模和晶体学领域的进一步研究开辟了令人兴奋的可能性。
引用
@article{arxiv.0710.3948,
title = {RNA sampling and crystallographic refinement using Rappertk},
author = {Swanand Gore and Tom Blundell},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.3948},
year = {2007}
}