利用 Rappertk 对蛋白质环及其异质性进行晶体学建模
生物大分子
2007-10-23 v1
摘要
背景：蛋白质的全原子晶体学精修是一项繁重的人工驱动过程，因此替代构象和多构象解释并未成为常规研究内容。结果：我们描述了 Rappertk 中高效的环采样程序，并证明只需少量位置约束即可自动且准确地对蛋白质中的单个环进行建模。使用复合 CNS/Rappertk 协议构建的环，其 Rfree 值始终优于仅使用 CNS 构建的环。这种方法被扩展到一个更现实的情景，即环中往往存在较大的位置不确定性，同时二级结构框架中存在微小缺陷。我们使用系综和集合方法来估计环区域的结构异质性。结论：除了对 Rappertk 进行全原子蛋白质精修任务的基准测试外，这项工作还展示了其在环建模两个方面的实用性——构建单个构象和估计环可能表现出的结构异质性。
引用
@article{arxiv.0710.3944,
title = {Crystallographic modelling of protein loops and their heterogeneity with Rappertk},
author = {Swanand Gore and Tom Blundell},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.3944},
year = {2007}
}