晶体学电子密度引导的蛋白质系综生成式建模
定量方法
2024-12-19 v1 人工智能
机器学习
摘要
蛋白质是动态的，会采取多种构象系综。这种构象异质性的特征印记在从 X 射线晶体学实验中获得的原始电子密度测量中。将蛋白质结构系综拟合到这些测量结果是一个具有挑战性的、不适定的反问题。我们提出了一种非独立同分布（non-i.i.d.）系综引导方法，利用现有的蛋白质结构生成模型来解决这一问题，并证明它能够准确恢复在某些单晶测量中观察到的复杂多模态交替蛋白质骨架构象。
引用
@article{arxiv.2412.13223,
title = {Generative modeling of protein ensembles guided by crystallographic electron densities},
author = {Sai Advaith Maddipatla and Nadav Bojan Sellam and Sanketh Vedula and Ailie Marx and Alex Bronstein},
journal= {arXiv preprint arXiv:2412.13223},
year = {2024}
}