解析单酶分子中瞬态动力学与功能
生物大分子
2018-12-18 v1 定量方法
摘要
我们使用混合荧光光谱工具包监测 T4 溶菌酶（T4L）的作用过程。通过揭示构象态的动力学与动态相互作用，我们试图阐明 T4L 的动态结构生物学。特别地，通过结合单分子与系综多参数荧光检测、EPR 光谱、诱变以及 FRET 定位与筛选，我们表征了 T4L 构象景观中在 ns-ms 时间尺度上的三个短寿命构象态。利用 33 组 FRET 推导的距离集筛选已知的 T4L 结构，揭示溶液中的 T4L 主要以已知的开放和闭合态在 4 s 时刻交换。一个新发现的小概率态，在目前已超过 500 个 T4L 晶体结构中均未披露，并在 230 s 被采样，可能积极参与催化中的产物释放步骤。所提出的荧光光谱工具包有望加速动态结构生物学的发展。
引用
@article{arxiv.1812.06937,
title = {Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules},
author = {Hugo Sanabria and Dmitro Rodnin and Katherina Hemmen and Thomas Peulen and Suren Felekyan and Mark R. Fleissner and Mykola Dimura and Felix Koberling and Ralf Kühnemuth and Wayne Hubbell and Holger Gohlke and Claus A. M. Seidel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.06937},
year = {2018}
}
备注
43 pages, 7 figures, Supporting Information 50 pages