降维 (4,3)D-hnCOCANH 实验：一种用于蛋白质 NMR 研究的高效主链归属工具
生物物理
2013-09-05 v1 化学物理
摘要
序列特异性共振归属和蛋白质二级结构测定构成了通过 NMR 进行各种结构和功能蛋白质组学研究的基础。在此背景下，本文提出了一种高效的独立方法，用于快速归属蛋白质主链 (1H, 15N, 13Ca 和 13C') 共振并测定其二级结构。与目前为此目的可用的策略相比，该方法仅采用单一的降维 (RD) 实验——(4,3)D-hnCOCANH，并利用主链 (13Ca 和 13C') 化学位移的线性组合，以实现比单个化学位移更好的色散（见正文），从而进行高效快速的数据分析。此外，该实验产生的谱图可直接区分自相关（残基内）和序列相关（残基间）碳关联峰；这些峰符号相反，因此无需使用额外的互补实验即可轻松区分。最重要的是，该方法的主要优势在于其高效且稳健的归属策略，该策略基于：(a) 多重但单向的序列 15N 和 13C 相关 (i-->i-1)，以及 (b) 3D 谱图中不同 [(F1(13C)-F3(1H) 和 (F2(15N)-F3(1H)] 平面中自相关峰和序列相关峰的独特峰形模式，这使得能够 readily 识别某些特定的三联体序列（见正文），从而作为检查点，将序列连接的 HSQC 交叉峰片段映射到一级序列上，以实现序列特异性的共振归属。总体而言，本文提出的独立方法将成为 NMR 在结构和功能蛋白质组学、蛋白质折叠及药物发现研究项目中重要的主链归属工具。
引用
@article{arxiv.1302.4159,
title = {Reduced Dimensionality (4,3)D-hnCOCANH Experiment: An Efficient Backbone Assignment tool for NMR studies of Proteins},
author = {Dinesh Kumar},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.4159},
year = {2013}
}
备注
25 pages, 9 figures, 1 Table