用于通过快速识别顺序 HSQC 峰高效分配蛋白质骨架共振的降维定制 HN(C)N 脉冲序列
生物物理
2015-06-16 v1 生物大分子
摘要
本文提出了两种新颖的降维 (RD) 实验——(4,3)D-hNCOcaNH 和 (4,3)D-hNcoCANH，旨在提高蛋白质骨架共振分配的准确性和速度。这些实验本质上是对先前报道的 HN(C)N 实验 [Panchal 等，J. Biomol. NMR. (2002), 20 (2), 135-147] 的改进，并利用简单的降维 NMR 概念 [Szyperski 等 (2002), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99(12), 8009-8014] 以实现：(a) 沿共演化 F1 维度的更高色散和分辨率，以及 (b) 在其 F2(15N)-F3(1H) 平面上快速识别顺序 HSQC 峰。当前的实现基于这样一个事实：15N 和 13CO/13Ca 化学位移的线性组合相比单个化学位移提供了更好的色散和随机性；因此，通过解决基于 HNCN 的分配方案中因酰胺 15N 位移简并而通常遇到的模糊性，能够分配拥挤的 HSQC 谱。此外，这些实验中的每一个还能分配骨架 13CO/13Ca 共振。总体而言，此处提出的降维定制 HNCN 实验对于各种 NMR 结构和功能蛋白质组学研究具有巨大价值；特别是对于内在无序或部分/无序蛋白质以及中等大小（分子量 ~12-15 kDa）的折叠蛋白质。像任何其他产生蛋白质分配的实验一样，这些实验对于蛋白质折叠和药物发现项目也极具价值。
引用
@article{arxiv.1305.4715,
title = {Reduced Dimensionality tailored HN(C)N Pulse Sequences for Efficient Backbone Resonance Assignment of Proteins through Rapid Identification of Sequential HSQC peaks},
author = {Dinesh Kumar},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.4715},
year = {2015}
}
备注
39 pages, 6 main Figures, 1 Supplementary Table, 6 Supplementary Figures