基于量子化学计算的 [3 + 2] 环加成反应的反应剖面
化学物理
2022-12-14 v2
摘要
基于 [3 + 2] 偶极环加成的生物正交点击化学对生物化学领域产生了深远影响，人们已投入大量努力以寻找有前景的新候选反应。为评估一个预期反应是否适合作为生物正交点击反应，关于靶向与非靶向活化及反应能量的信息极具价值。在此，我们利用基于 autodE 程序的自动化工作流，计算了超过 5000 条 [3 + 2] 环加成反应剖面，涉及合成亲偶极体及一组受生物启发的结构基元。基于一项简要的基准研究，DFT 计算选用 B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP//B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP 理论水平，并施加标准条件与（水相）SMD 模型以模拟生理条件。我们相信该数据以及所呈现的高通量反应剖面计算工作流，将有助于筛选新的生物正交反应，并广泛服务于开发用于预测化学反应性的新型机器学习模型。
引用
@article{arxiv.2212.06014,
title = {Reaction profiles for quantum chemistry-computed [3 + 2] cycloaddition reactions},
author = {Thijs Stuyver and Kjell Jorner and Connor Coley},
journal= {arXiv preprint arXiv:2212.06014},
year = {2022}
}
备注
19 pages, 9 figures, journal manuscript