系综热力学与单分子动力学的定量联系：基于核糖体的低温电子显微镜与单分子荧光共振能量转移研究案例
生物物理
2017-05-31 v1 统计力学
化学物理
亚细胞过程
摘要
在平衡状态下，可以通过多种技术从生物分子能量景观中提取热力学和动力学信息。然而，静态的系综技术产生热力学数据，而通常只有动态的单分子技术能够提供描述过渡态能量势垒的动力学数据。在此，我们提出一个基于驻留时间分布的广义框架，该框架可用于将此类静态系综技术与动态单分子技术联系起来，从而以更高分辨率表征能量景观。我们通过将该框架应用于细菌核糖体易位前复合物的低温电子显微镜和单分子荧光共振能量转移研究，展示了该框架的实用性。除其他益处外，将该框架应用于这些数据解释了为什么在 cryo-EM 研究中观察到的易位前复合物的两种瞬态中间构象，可能在多项 smFRET 研究中未被观察到。
引用
@article{arxiv.1705.10286,
title = {Quantitative Connection Between Ensemble Thermodynamics and Single-Molecule Kinetics: A Case Study Using Cryogenic Electron Microscopy and Single-Molecule Fluorescence Resonance Energy Transfer Investigations of the Ribosome},
author = {Colin D. Kinz-Thompson and Ajeet K. Sharma and Joachim Frank and Ruben L. Gonzalez, and Debashish Chowdhury},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.10286},
year = {2017}
}
备注
43 pages, including 6 figures