广义群落丰度结构的定量比较：从 B 细胞受体库到微生物组
定量方法
2017-05-31 v1
摘要
群落是指在给定时空中共存的生物集合，有潜力成为生物学的统一概念之一，尤其是随着高通量测序实验的出现，其详尽揭示了遗传多样性。本着这一精神，我们展示了群落生态学中的一种工具——等级丰度分布（Rank Abundance Distribution, RAD），可通过新的 MaxRank 归一化方法转变为一种通用的、具表现力的描述符，用于生物学许多领域中群落的定量比较。为说明该方法的通用性，我们分析了来自各种广义群落（即遗传多样的细胞或生物集合）的 RAD，包括人类 B 细胞、接受抗生素治疗以及不同年龄和来源国的肠道微生物组，以及其他人类和环境微生物群落。我们表明，归一化 RAD 能够实现新的定量方法，有助于理解复杂广义群落的结构与动态。
关键词
引用
@article{arxiv.1612.03692,
title = {Quantitative Comparison of Abundance Structures of Generalized Communities: From B-Cell Receptor Repertoires to Microbiomes},
author = {Mohammadkarim Saeedghalati and Farnoush Farahpour and Bettina Budeus and Anja Lange and Astrid M. Westendorf and Marc Seifert and Ralf Küppers and Daniel Hoffmann},
journal= {arXiv preprint arXiv:1612.03692},
year = {2017}
}