蛋白质推断与蛋白质定量：一枚硬币的两面

动机：在基于质谱的鸟枪法蛋白质组学中，蛋白质定量和蛋白质鉴定是两个主要的计算问题。为了量化蛋白质丰度，必须首先从样本中推断出蛋白质列表。然后利用光谱计数等定量方法估计相对或绝对蛋白质丰度。迄今为止，研究人员一直分别处理这两个过程。事实上，它们是同一枚硬币的两面，因为真正存在的蛋白质就是那些丰度非零的蛋白质。那么，一个有趣的问题是：如果我们将蛋白质推断问题视为一种特殊的蛋白质定量问题，是否可能获得更好的蛋白质推断性能？贡献：本文研究了利用蛋白质定量方法解决蛋白质推断问题的可行性。蛋白质推断旨在确定每个候选蛋白质是否存在于样本中。蛋白质定量旨在计算每种蛋白质的丰度。自然地，不存在的蛋白质应具有零丰度。因此，我们认为蛋白质推断问题可以视为蛋白质定量问题的一个特例：存在的蛋白质即那些丰度非零的蛋白质。基于这一思想，本文尝试使用三种非常简单的蛋白质定量方法有效地解决蛋白质推断问题。结果：在六个数据集上的实验结果表明，这三种方法与以往的蛋白质推断算法相比具有竞争力。这表明将蛋白质推断问题视为蛋白质定量问题的特例是合理的，从而开启了从定量角度设计更有效的蛋白质推断算法的大门。