重新审视单细胞蛋白质组学中的缺失值难题

在分析基于质谱的蛋白质组学数据时，缺失值是一个显著的挑战。尽管该领域仍在积极讨论最佳实践，但随着基于质谱的单细胞蛋白质组学的出现以及缺失值的急剧增加，这一挑战愈发严峻。处理缺失值的一种流行方法是进行插补。插补存在若干缺陷，且有替代方案，但目前插补仍是单细胞蛋白质组学数据分析中广泛采用的实用解决方案。本观点文章讨论了插补的优缺点。我们还强调了单细胞蛋白质组学中与缺失值管理相关的5个主要挑战。未来的发展应致力于解决这些挑战，无论是通过插补还是数据建模。本观点文章最后给出了关于报告缺失值、报告处理缺失值的方法以及正确编码缺失值的建议。