ProtDBench：蛋白酶结合器设计与评估的统一基准
定量方法
2026-05-25 v2 人工智能
摘要
近期 de novo 蛋白酶结合器设计的进展使得 increasingly 多的实验验证得以实现，但报告的 in silico 指标由于非标准化的评估协议而难以解读或跨研究比较。我们引入 ProtDBench，一个用于蛋白酶结合器设计的标准化且关注吞吞量的评估框架。ProtDBench 定义了统一的基准任务、评估协议和成功标准，使我们能够系统地分析评估设计如何影响观察到的性能。使用一个大型带有实验标注的数据集，我们分析了常用的结构预测模型作为评估验证器，揭示了在相同过滤协议下，验证器依赖性偏差显著且一致性有限。我们随后在固定评估协议下，对十个多样化的蛋白靶点进行代表性开源生成式结合器设计方法的基准测试。除了 per-sequence 成功率外，ProtDBench 还包括基于固定 24 小时预算的吞吞量敏感指标，以及用于考虑结构多样性的 cluster-level 成功标准。总体而言，这些结果暴露了由过滤规则、成功定义和吞吞量敏感评估在计算效率、成功率和结构多样性之间所致的系统性差异。总体而言，ProtDBench 提供了一个公平且可重复的评估管道，支持在真实评估情景下进行蛋白酶结合器设计方法的系统和受控比较。
引用
@article{arxiv.2605.04118,
title = {ProtDBench: A Unified Benchmark of Protein Binder Design and Evaluation},
author = {Cong Liu and Milong Ren and Jiaqi Guan and Chengyue Gong and Jinyuan Sun and Xinshi Chen and Wenzhi Xiao},
journal= {arXiv preprint arXiv:2605.04118},
year = {2026}
}