HelixDesign-Binder：基于HelixFold3构建的可扩展生产级Binder设计平台

蛋白质Binder设计是治疗学、诊断学和合成生物学的核心，但由于工作流碎片化、计算成本高和工具集成复杂，其实际部署仍具挑战性。我们推出了HelixDesign-Binder，这是一个构建于HelixFold3之上的生产级、高通量平台，可自动化从骨架生成和序列设计到结构评估及多维打分的整个Binder设计流程。通过将这些阶段统一到一个可扩展且用户友好的系统中，HelixDesign-Binder能够高效探索具有良好结构、能量和理化性质的Binder候选物。该平台利用百度云的高性能基础设施支持大规模设计，并整合了先进的打分指标，包括ipTM、预测结合自由能和界面疏水性。对六个蛋白质目标的基准测试表明，HelixDesign-Binder能可靠地生成多样且高质量的Binder，其中部分在预测结合亲和力上匹配或超越了已验证的设计。HelixDesign-Binder可通过PaddleHelix平台的交互式Web界面访问，支持抗体和蛋白质Binder开发中的学术研究与工业应用。