MotifBench：面向Motif-框架问题的标准化蛋白设计基准
机器学习
2025-02-20 v2 生物大分子
摘要
Motif-框架问题是计算蛋白设计中的核心任务：给定旨在赋予特定生化功能（称为Motif）的原子坐标，任务是识别包含该Motif且保持其几何结构的多样化蛋白结构（框架）。近期由于可靠的蛋白结构预测和固定骨架序列设计方法的出现，使该任务取得了显著进展。然而，跨出版物的评估策略差异显著阻碍了结果的可比性，挑战了可重复性，并阻碍了稳健的进展。为此，我们引入MotifBench，包括（1）精确规定的管道和评估指标，（2）30个基准问题的集合，以及（3）在github.com/blt2114/MotifBench上实现的基准和排行榜。MotifBench测试案例比早期基准更具挑战性，包括已知解决方案但据我们所知，当前最先进的方法在这些问题上未能识别任何解的蛋白设计问题。
引用
@article{arxiv.2502.12479,
title = {MotifBench: A standardized protein design benchmark for motif-scaffolding problems},
author = {Zhuoqi Zheng and Bo Zhang and Kieran Didi and Kevin K. Yang and Jason Yim and Joseph L. Watson and Hai-Feng Chen and Brian L. Trippe},
journal= {arXiv preprint arXiv:2502.12479},
year = {2025}
}
备注
Associated content available at github.com/blt2114/MotifBench