一个二维 RNA 折叠模型的性质
组合数学
2018-12-18 v1 生物大分子
摘要
核糖核酸（RNA）可折叠成在细胞中执行功能的形状。这些折叠由 Watson-Crick 碱基配对所支配，即腺嘌呤配尿嘧啶、胞嘧啶配鸟嘌呤（A-U 与 G-C）。蛋白质折叠的 H-P（疏水-亲水）模型在二维正交情形下的性质已被充分研究，我们试图取得类似结果。我们证明：(1) 存在具有唯一最优折叠的偶长度序列的无穷族；(2) 对偶长度序列存在两种理想折叠，且给定序列可快速验证两者、其一或均非最优；(3) 在该模型下寻找最优折叠是 NP-hard 的；(4) 我们给出了一个对 RNA 序列最优折叠的常数因子近似算法。
引用
@article{arxiv.1812.06284,
title = {Properties of a Two Dimensional Model of RNA Folding},
author = {Ben Y. Maron},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.06284},
year = {2018}
}
备注
10 pages, 15 figures