可逆蛋白质结合网络中大浓度变化的传播
分子网络
2007-08-20 v1 生物大分子
摘要
我们研究了酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中可逆蛋白质 - 蛋白质结合网络的动态平衡如何响应单个蛋白质丰度的大变化。网络中直接邻居和更远邻居的自由浓度与结合浓度之间偏移的幅度受到网络拓扑、节点间蛋白质浓度分布以及平均结合强度等因素的影响。我们的主要结论是，平均而言，扰动的影响具有强烈的局部性，并随与扰动节点的网络距离呈指数衰减，这解释了尽管此类网络具有全局连接的拓扑结构，但各个功能模块仍能相当独立地运行。我们还发现，在特定有利条件下（在酵母网络的相当数量路径中实现），浓度扰动可以有选择地在相当大的网络距离（多达四步）上传播。这种“超距作用”需要路径上存在高浓度的异源二聚体，以及中间蛋白质的低自由（未结合）浓度。
引用
@article{arxiv.0708.2421,
title = {Propagation of large concentration changes in reversible protein binding networks},
author = {Sergei Maslov and I. Ispolatov},
journal= {arXiv preprint arXiv:0708.2421},
year = {2007}
}
备注
5 pages, 7 figures