利用几何模拟探究抗体的构象动力学
生物大分子
2021-10-01 v1
摘要
本章描述了约束几何模拟在抗体结构动力学预测中的应用。我们采用约束几何模拟方法 FRODAN，它是分子动力学(MD)模拟的一种低计算复杂度替代方案，能够快速探索蛋白质结构中的柔性运动。FRODAN 非常适用于大型蛋白质、复合物、固有无序蛋白以及发生在较长生物学相关时间尺度上的动力学分析，这些动力学通常无法被经典 MD 模拟所触及。该方法在全原子尺度上预测蛋白质动力学，同时保留真实的共价键、将二面角维持在能量有利的构象中、避免立体冲突，并执行其他几何与立体化学准则检查。在本章中，我们将 FRODAN 应用于 IgG2a 的功能相关动力学探测，包括大幅度的结构域间运动以及互补决定区(CDR)环的运动。正如先前的实验研究所提示的，我们的模拟表明抗体能够探索大范围的构象空间。
引用
@article{arxiv.2109.14724,
title = {Probing conformational dynamics of antibodies with geometric simulations},
author = {Andrejs Tucs and Koji Tsuda and Adnan Sljoka},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.14724},
year = {2021}
}
备注
Book chapter