POLYANA——一种基于分子动力学轨迹计算分子径向分布函数的工具
数学软件
2016-05-04 v1
摘要
我们提出了一款应用程序，用于基于分子模拟方法（分子动力学、蒙特卡洛）生成的轨迹计算分子质心的径向分布函数。在设计此应用程序时，重点在于易用性以及易于进一步开发。在其当前版本中，该程序可以读取由知名 DL_POLY 软件包生成的轨迹，但可以轻松扩展以处理其他格式。对该程序进行“修改”也非常容易，使其能够计算相互作用位点组而非整个分子的分子间径向分布函数。
引用
@article{arxiv.1508.05374,
title = {POLYANA - A tool for the calculation of molecular radial distribution functions based on Molecular Dynamics trajectories},
author = {Christos Dimitroulis and Theophanes Raptis and Vasilios Raptis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.05374},
year = {2016}
}
备注
16 pages, 3 figures