分子动力学中构象的可视化

复杂分子动力学的蒙特卡罗模拟产生了大量不同构型以采样构型空间。预期这些构型可被分类为少量代表分子形状本质变化的构象。我们提出一种基于单个构型间几何距离度量的平面点集可视化方法以展示这些构象。结果表明不同构象表现为分离良好的点集。通过对数据集进行聚类分析进一步改进了该方法。点簇表示用于控制三维分子查看器应用程序以显示单个构型与构象变化。讨论了本质坐标的提取与分子形状的可视化。