现代分子动力学软件中零多极求和法的性能评估
计算物理
2018-05-15 v1 生物物理
摘要
我们评估了零多极求和法（ZMM）的实用性能，该方法用于在分子动力学模拟中近似计算静电相互作用。将 ZMM 的性能与平滑粒子网格 Ewald 方法（smooth particle mesh Ewald method, SPME）进行比较。尽管 ZMM 使用的截断距离比 SPME 更大，但其性能与 SPME 相当或更优。特别是，具有四极或八极抵消且无阻尼因子的 ZMM 是快速计算静电势的极佳候选方法。
引用
@article{arxiv.1704.07071,
title = {Performance Evaluation of the Zero-Multipole Summation Method in Modern Molecular Dynamics Software},
author = {Shun Sakuraba and Ikuo Fukuda},
journal= {arXiv preprint arXiv:1704.07071},
year = {2018}
}
备注
Preprint submitted to Comput. Phys. Comm