GROMACS中谱Ewald方法与平滑粒子网格Ewald方法的比较
数值分析
2017-12-14 v1
摘要
平滑粒子网格Ewald（SPME）方法是一种基于FFT的方法，用于在周期边界条件下快速计算静电相互作用。GROMACS这一广泛使用的分子动力学模拟软件中提供了该方法的高度优化实现。在本文中，我们从性能和效率方面将同一方法族中较新的谱Ewald（SE）方法与SPME方法进行比较。我们考虑了这两种方法在桌面机以及KTH皇家理工学院Beskow超级计算机上的串行与并行实现，用于单核和多核计算。SE方法的实现已得到良好优化，但尚不能与经过多年改进的SPME实现水平相比。我们表明，SE方法在用于实现高精度时非常高效，并且即使在当前优化水平下，对于低精度需求也已具有竞争力。
引用
@article{arxiv.1712.04718,
title = {A comparison of the Spectral Ewald and Smooth Particle Mesh Ewald methods in GROMACS},
author = {Davood Saffar Shamshirgar and Berk Hess and Anna-Karin Tornberg},
journal= {arXiv preprint arXiv:1712.04718},
year = {2017}
}
备注
30 pages, 33 figures