代谢组学中基于 Globaltest 且允许事后选择通路的路径检验
统计方法学
2021-02-05 v2
摘要
Globaltest 是一种针对“一组特征与感兴趣响应间无关联”这一全局零假设的强力检验，在代谢组学通路检验中广受欢迎。然而，评估多条通路需要进行多重检验校正。本文提出一种基于封闭检验、专为 Globaltest 设计的多重检验方法。该方法对所有可能的特征集同时控制族wise误差率，因此允许事后推断，即研究者可在观测数据后选择通路数据库而不损害误差控制。为规避封闭检验的指数级计算时间，我们推导了一种新颖的捷径，使得在代谢组学数据规模上执行精确的封闭检验成为可能。CRAN 上提供了 R 包 ctgt。我们在若干代谢组学数据实例上展示了该捷径。
引用
@article{arxiv.2001.01541,
title = {Pathway Testing in Metabolomics with Globaltest, Allowing Post Hoc Choice of Pathways},
author = {Ningning Xu and Aldo Solari and Jelle Goeman},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.01541},
year = {2021}
}
备注
33 pages, 5 figures, 4 tables