部分同源性关系——基于有向余图的可满足性
离散数学
2018-05-04 v3
摘要
有向余图(di-cographs)在基于同源性关系（基因间的二元关系）重建基因进化史中起着关键作用。多种基于成对序列比较的方法可用于推断此类同源性关系（例如直向同源、并系同源、异源同源）。若这些关系可由事件标记的基因树解释，即它们能在底层基因的进化史中同时共存，则它们是\emph{可满足的}。每棵基因树可等价地解释为一个所谓的余树，其完整编码了有向余图的结构。因此，可满足的同源性关系必然构成有向余图。推断的同源性关系可能未覆盖每对基因，从而仅提供关于完整同源性关系集的部分知识。此外，对于特定基因对，可能高度确定它们不是直向同源（或并系同源、异源同源），这给出了禁忌基因对。受此观察启发，我们刻画了带或不带禁忌基因对的（部分）可满足同源性关系，提供了用于识别它们以及计算解释给定关系的余树的二次时间算法。
引用
@article{arxiv.1711.00504,
title = {Partial Homology Relations - Satisfiability in terms of Di-Cographs},
author = {Nikolai Nøjgaard and Nadia El-Mabrouk and Daniel Merkle and Nikolas Wieseke and Marc Hellmuth},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.00504},
year = {2018}
}