基因组学研究中等价性的 P 值、q 值和后验概率

等价性检验在基因组学研究中日益重要，但在此背景下迄今研究甚少。在本文中，我们定义了基因表达等价性的概念，并确定了一种衡量基因等价性“证据强度”的指标。在全基因组研究中，通常根据观测到的基因特异性 P 值或校正后的 P 值对基因进行排序，这些值被假定用于衡量反对无差异基因表达零假设的证据强度。我们在此通过实证和形式化论证表明，等价性 P 值不满足作为有效的等价性证据强度度量的基本一致性要求。这意味着为每个基因定义的广泛使用的 q 值（Storey, 2002），即导致相应 P 值被纳入发现集的最小阳性错误发现率，无法转换到等价性检验框架中。然而，当表示为后验概率时，我们发现 q 值确实满足作为可信的等价性证据度量所需的一些基本一致性要求。我们提出了一种基于等价性后验概率的 q 值简单估计量，并分析了一项小鼠干细胞微阵列实验的数据，以展示此处提出的理论和方法。