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顶级基因列表的重叠概率、超几何分布与基因筛选标准的严格性

定量方法 2009-11-09 v1

摘要

当同一组基因出现在两项不同研究的顶级排序基因列表中时,估计此为偶然事件的概率常常令人关注。该重叠概率众所周知服从超几何分布。通常,顶级排序基因列表的长度被假定为固定的,通过使用预设标准,例如t检验的pp值。我们研究重叠概率如何随基因筛选标准、或简言之随顶级排序基因列表长度而变化。结论是重叠概率确实是基因列表长度的函数,其统计显著性应在基因筛选标准的语境下被引用。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0606017,
  title  = {Overlapping Probabilities of Top Ranking Gene Lists, Hypergeometric Distribution, and Stringency of Gene Selection Criterion},
  author = {Wen Fury and Franak Batliwalla and Peter K. Gregersen and Wentian Li},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0606017},
  year   = {2009}
}

备注

submitted to IEEE/EMBS Conference'06