优化全球基因组监测以早期发现新出现的 SARS-CoV-2 变异株
种群与进化
2025-02-14 v2 定量方法
摘要
背景：全球病毒威胁凸显了有效基因组监测的必要性，但高昂的成本和资源分布不均阻碍了其实施。将监测目标锁定在主要旅行枢纽的国际旅客，可能为早期发现 SARS-CoV-2 变异株提供一种更高效的策略。方法：我们利用广泛的流行病学、系统发育和高分辨率航空旅行数据，开发并校准了一个全球 SARS-CoV-2 传播的多毒株集合种群模型。然后，我们将基线监测与优先考虑旅行者的各种资源分配方法进行了比较，回顾性地关注 Omicron BA.1/BA.2，并前瞻性地关注在不同出现、传播和疫苗有效性情景下的假设未来变异株。结果：将现有监测资源集中在关键全球枢纽的旅行者身上，显著缩短了检测延迟，而无需增加总监测工作量。在对 Omicron BA.1/BA.2 的回顾性分析中，即使总资源减少，以旅行者为目标的方法也始终优于基线策略。模拟表明，即使在资源减少的情况下，将监测重点放在关键旅行枢纽上，在不同可能的起源地检测未来变异株方面也优于基线实践。这种方法在具有不同再生数和疫苗有效性的未来大流行情景中仍然有效。解读：这些发现为加强全球基因组监测提供了一个定量、成本效益高的框架。通过将资源重新分配给选定旅行枢纽的国际旅行者，可以增强对新出现变异株的早期发现，为快速公共卫生干预提供信息，并加强应对未来大流行的准备。
引用
@article{arxiv.2502.00934,
title = {Optimizing Global Genomic Surveillance for Early Detection of Emerging SARS-CoV-2 Variants},
author = {Haogao Gu and Jifan Li and Wanying Sun and Mengting Li and Kathy Leung and Joseph T. Wu and Hsiang-Yu Yuan and Maggie H. Wang and Bingyi Yang and Matthew R. McKay and Ning Ning and Leo L. M. Poon},
journal= {arXiv preprint arXiv:2502.00934},
year = {2025}
}