基于位点动力学的 SARS-CoV-2 变异亚型全球循环通路轮廓化新方法
种群与进化
2025-12-01 v1 定量方法
摘要
SARS-CoV-2 的基因演化导致反复的流行病浪潮，理解其全球扩散模式对于有效的监控至关重要。我们开发了基于位点的变异动力学 - 等功抽样 (S-EPS) 框架，这是一种无需系统发育树、可纠正偏差的病毒源汇动力学轮廓化方法。将 S-EPS 应用于 2020 年 3 月至 2024 年 6 月收集的 660 万 SARS-CoV-2 基因组（覆盖全球 13 个地区），我们识别出非洲和印度次大陆是关键变异的主要来源地。东南亚作为早期传播枢纽，而俄罗斯和南美主要充当汇流地。关键变异在主要来源地建立适应优势的时间比外部地区更长。一旦某种氨基酸替代突变在主要来源地的受体结合域中达到 1% 的流行率，就有 80% 的概率会在其他地区传播，其中位领先时间为 2 个月（四分位范围：1-4 个月）。我们的发现凸显了基因监控的重要性，S-EPS 提供了增强的新兴病毒威胁监控能力。
引用
@article{arxiv.2511.22841,
title = {A novel approach to profile global circulation pathway of SARS-CoV-2 variants by site-based mutation dynamics},
author = {Hong Zheng and Shimin Su and Caiqi Liu and Jingzhi Lou and Lirong Cao and Yexian Zhang and Zhihui Zhang and Marc Ka Chun Chong and Benny Chung-Ying Zee and Peter Pak-Hang Cheung and Haogao Gu and Juan Pu and Leo Lit Man Poon and Hui-Ling Yen and Maggie Haitian Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2511.22841},
year = {2025}
}