NRSSPrioritize：关联蛋白质复合物与疾病相似性信息以优先排序疾病候选基因
计算工程、金融与科学
2016-04-27 v1 基因组学
摘要
疾病相关基因的识别近期为阐明疾病复合机制、为新疗法提供思路方面受到广泛关注。为了探索易感疾病基因，不仅使用了基因组全关联研究 (GWAS) 等实验方法，也使用了计算方法。由于实验方法既耗时又昂贵，诸多研究利用计算技术来探索疾病基因。这些方法运用了各种生物学数据源和已知疾病基因来优先排序疾病候选基因。本文提出了一种基因优先排序方法 (NRSSPrioritize)，该方法同时利用了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络的局部与全局度量，并结合疾病相似性知识，为结直肠癌 (CRC) 易感基因提供候选基因列表。网络传播、带返回的随机漫步和最短路径是应用于 PPI 网络对候选基因计分的三种网络分析工具。此外，通过查阅与 CRC 症状相似的疾病及其引起基因，按不同方式对候选基因进行计分。最后，采用类似理想解的排序法 (TOPSIS) 和分析网络过程 (ANP) 方法为上述四种计分方案获得合适的权重，并对这些计分值的加权求和用于计算每个候选基因的最终得分。通过交叉验证分析验证了 NRSSPrioritize 的有效性，并将其结果与其他优先排序工具进行比较，发现本文提出的方法在性能上表现最佳。
引用
@article{arxiv.1604.07427,
title = {NRSSPrioritize: Associating Protein Complex and Disease Similarity Information to Prioritize Disease Candidate Genes},
author = {Zahra Razaghi-Moghadam and Razieh Abdollahi and Sama Goliaei and Morteza Ebrahimi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.07427},
year = {2016}
}
备注
13 pages