力诱导短链 B-DNA 非平衡功率波动
软凝聚态物质
2025-08-12 v1 生物物理
摘要
我们考虑了一个包含 12 个碱基对且序列明确指定的溶剂化标准 B-DNA 系统，其初始处于无外力 作用的平衡状态。经过平衡后，进行一次切换实验，通过拉伸 DNA 一端并约束另一端来实现。该有限时间的拉伸过程以恒定的施加力速率进行，直到力的最大值为 400 pN。通过数值积分施加力-伸长曲线函数，确定该过程所做的非平衡功 。通过重复大量拉伸实验获取功值集合 。我们采用 Jarzynski 定律计算 DNA 之间平衡态和力诱导熔化态之间的自由能差 。结果发现， 的值与传统平衡方法的结果非常吻合。
关键词
引用
@article{arxiv.2508.07354,
title = {Nonequilibrium Work Fluctuations in Force-induced Melting of a Short B-DNA},
author = {S. Siva Nasarayya Chari and Prabal K. Maiti},
journal= {arXiv preprint arXiv:2508.07354},
year = {2025}
}