通过病例对照 GWAS 直接估计缩小常见疾病遗传力差距
种群与进化
2013-05-28 v2 定量方法
统计方法学
摘要
近年来在寻找人类表型缺失遗传力方面的主要进展之一，是采用线性混合效应模型 (LMMs) 来估计与表型无显著关联的遗传变异所导致的遗传力。Lee 等人 (2011) 改编了 LMM 方法的一种变体并将其应用于病例对照研究及多种主要疾病，成功解释了相当一部分缺失的遗传力。例如，对于克罗恩病，他们估计的遗传力为 22%，而家族研究的结果为 50-60%。在这封信中，我们提出通过对基因型相关性回归表型相似性并校正以考虑 ascertainment 偏差，从而直接估计疾病的遗传力。我们将此方法称为遗传相关性回归 (GCR)。使用 GCR，我们利用相同数据估计克罗恩病的遗传力为 34%。我们通过广泛的模拟证明，我们的方法产生的遗传力估计是无偏的，且始终高于 LMM 估计值。此外，我们开发了一种针对 LMM 估计的启发式校正方法，可应用于已发表的 LMM 结果。应用我们的启发式校正后，多发性硬化症的估计遗传力从 30% 增加到了 52.6%。
引用
@article{arxiv.1305.5363,
title = {Narrowing the gap on heritability of common disease by direct estimation in case-control GWAS},
author = {David Golan and Saharon Rosset},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.5363},
year = {2013}
}
备注
main text: 30 pages, 4 figures. Supplementary text: 35 pages, 16 figures