生物膜的多尺度计算建模
生物物理
2022-06-09 v1
摘要
我们综述了生物膜与细菌细胞的计算模型，鉴于此类生物物质的普遍存在，从工程活材料（ELMs）的视角探讨了生物膜的各种特性与潜在应用。本微型综述从分子尺度出发，自下而上至介观尺度，再到连续介质尺度，重点介绍了介观尺度算法，如耗散粒子动力学（DPD）与基于个体的建模（IbM）。针对不同尺度上的各类建模方法，我们着重介绍了若干代表性工作。结合已有研究，我们详述了各尺度算法各自的优缺点。具体而言，我们重点关注了亦称为离散元方法（DEM）的 IbM，因其能准确描述生物与力学双重属性。
引用
@article{arxiv.2206.03895,
title = {Multiscale Computational Modeling of Biofilm},
author = {Hanfeng Zhai},
journal= {arXiv preprint arXiv:2206.03895},
year = {2022}
}
备注
minireview on the computational framework of bacteria biofilm