多重模式匹配：马尔可夫链方法

RNA基序通常由短的模块化模式组成，这些模式包括模块内部及模块之间形成的碱基对。估计这些模式的丰度对于评估全基因组搜索中匹配的统计显著性，以及预测给定功能是在不同物种中多次演化而来还是源于单一共同祖先，具有根本重要性。在本手稿中，我们以集成且自成体系的方式回顾自动机理论、生成函数和转移矩阵方法的一些基本概念，这些概念与生物序列中的模式分析相关。我们在一般框架下形式化马尔可夫链嵌入的概念，以分析由无记忆源产生的随机字符串中的模式。这一概念化与自动机识别复杂模式的能力相结合，使得我们能够系统分析随机字符串中模式出现与频率相关问题。我们呈现的应用聚焦于自动机的同步化概念，以及用于在一般文本中搜索有限数量关键词的自动机（包括根据碱基配对规则生成的模式集合）。