隐马尔可夫模型中一般游程与模式相关的分布

本文提出了一种计算与隐马尔可夫模型状态序列中模式相关的分布的方法，该方法以观测到全部或部分观测序列为条件。概率针对非常广泛的模式类别（竞争模式和广义后续模式）进行计算，因此，该理论作为特例涵盖了具有广泛应用的大类问题的结果。假设未观测到的状态序列具有马尔可夫性，且依赖阶数为一般阶数。一个辅助马尔可夫链与状态序列相关联，用于简化计算。给出了两个示例以说明该方法的使用。其中第一个应用主要用于说明应用该理论的基本步骤，第二个应用则是针对 DNA 序列的更详细应用，表明该方法可以调整以包含与生物学知识相关的限制。