链分子蒙马尔采样更新：扭转空间中的偏向高斯步
软凝聚态物质
2009-11-07 v1 化学物理
摘要
我们发展了一种用于聚合链在扭转角空间中的蒙马尔采样模拟的新型基本运动。该方法灵活且易于实现。从（构象依赖的）高斯分布中抽取拟定更新，该分布有利于approximately局部变形链。偏向程度由参数 b 控制。该方法在仅包含 54 个氨基酸的简化模型蛋白质上进行测试，其唯一的自由度为拉玛什扭转角。在不同 b 值下进行测试。我们发现，尽管没有过度精细调校，有效步长可比无偏 b=0 的情况提高约三倍。该方法对于动力学研究也可能有用。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0103580,
title = {Monte Carlo Update for Chain Molecules: Biased Gaussian Steps in Torsional Space},
author = {Giorgio Favrin and Anders Irbäck and Fredrik Sjunnesson},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0103580},
year = {2009}
}
备注
14 pages, 4 figures