三维球状晶格蛋白质的无偏采样
统计力学
2013-05-29 v1 软凝聚态物质
摘要
我们提出了一种Monte Carlo方法，能够对立方晶格上的Hamiltonian游走进行高效且无偏的采样。此类游走是自回避的，且恰好访问每个晶格位点一次。在加入适当的局部相互作用后，它们常被用作球状蛋白质的简单模型。我们的算法可以很容易地引入此类相互作用，但此处我们主要研究柔性均聚物情形，其中每个构象以均匀概率生成。我们论证了该算法是遍历的，且动力学指数 。随后我们用它研究了尺寸达 个单体的聚合物。给出了端点间有效相互作用以及与系统边界相互作用的结果。
引用
@article{arxiv.0709.2323,
title = {Unbiased sampling of globular lattice proteins in three dimensions},
author = {Jesper Lykke Jacobsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.2323},
year = {2013}
}