MolMiner：一次性识别化学结构的 You Only Look Once 方法

Youjun Xu; Jinchuan Xiao; Chia-Han Chou; Jianhang Zhang; Jintao Zhu; Qiwan Hu; Hemin Li; Ningsheng Han; Bingyu Liu; Shuaipeng Zhang; Jinyu Han; Zhen Zhang; Shuhao Zhang; Weilin Zhang; Luhua Lai; Jianfeng Pei

MolMiner：一次性识别化学结构的 You Only Look Once 方法

计算机视觉与模式识别 2022-05-24 v1 定量方法

作者: Youjun Xu , Jinchuan Xiao , Chia-Han Chou , Jianhang Zhang , Jintao Zhu , Qiwan Hu , Hemin Li , Ningsheng Han , Bingyu Liu , Shuaipeng Zhang , Jinyu Han , Zhen Zhang , Shuhao Zhang , Weilin Zhang , Luhua Lai , Jianfeng Pei

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摘要

分子结构在期刊论文和专利等科学文献中总是以二维印刷形式描绘。然而，这些二维描绘不可被机器读取。由于数十年的积累以及此类印刷文献的不断增加，将印刷描绘转换为机器可读格式的需求很高，这被称为光学化学结构识别（OCSR）。过去三十年开发的大多数 OCSR 系统遵循基于规则的方法，其中描绘矢量化的关键步骤基于将矢量和节点解释为键和原子。在此，我们提出一款实用软件 MolMiner，它主要使用最初为语义分割和目标检测开发的深度神经网络来从文档中识别原子和键元素。这些被识别的元素可通过基于距离的构建算法轻松连接为分子图。我们在四个基准数据集上仔细评估了我们的软件，取得了最先进的性能。多种真实应用场景也经过测试，获得了令人满意的结果。Mac 和 Windows 版本的免费下载链接如下：Mac: https://molminer-cdn.iipharma.cn/pharma-mind/artifact/latest/mac/PharmaMind-mac-latest-setup.dmg 和 Windows: https://molminer-cdn.iipharma.cn/pharma-mind/artifact/latest/win/PharmaMind-win-latest-setup.exe

关键词

光学化学结构识别 MolMiner 深度神经网络语义分割目标检测分子图基准数据集

引用

@article{arxiv.2205.11016,
  title  = {MolMiner: You only look once for chemical structure recognition},
  author = {Youjun Xu and Jinchuan Xiao and Chia-Han Chou and Jianhang Zhang and Jintao Zhu and Qiwan Hu and Hemin Li and Ningsheng Han and Bingyu Liu and Shuaipeng Zhang and Jinyu Han and Zhen Zhang and Shuhao Zhang and Weilin Zhang and Luhua Lai and Jianfeng Pei},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2205.11016},
  year   = {2022}
}

备注

19 pages, 4 figures

MolMiner：一次性识别化学结构的 You Only Look Once 方法

摘要

关键词

引用

备注

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