MolMiner：面向可控、三维感知、基于片段的分子设计
机器学习
2025-05-27 v2 材料科学
摘要
我们提出了MolMiner，一个基于片段、几何感知且顺序无关的自回归分子设计模型。MolMiner支持在十二个性质上进行条件生成，能够在物理化学和结构目标之间实现灵活控制。分子通过对称性感知的片段连接方式构建，生成过程中利用力场动态更新三维几何结构。概率条件机制允许用户指定任意目标性质子集，同时对其余性质进行采样。MolMiner在大多数性质上实现了校准的条件生成，并提供了具有竞争力的无条件生成性能。我们还提出了改进的无条件和条件生成基准测试方法，包括通过Wasserstein距离进行分布比较以及用于性质控制的校准图。据我们所知，这是首个统一动态几何、对称性处理、顺序无关的片段生成和高维多性质条件化的模型。
引用
@article{arxiv.2411.06608,
title = {MolMiner: Towards Controllable, 3D-Aware, Fragment-Based Molecular Design},
author = {Raul Ortega-Ochoa and Tejs Vegge and Jes Frellsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2411.06608},
year = {2025}
}